Investigador Diego Díaz obtuvo el grado de Doctor en Computación

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La tesis doctoral de Diego Díaz fue guiada por el académico del DCC, Gonzalo Navarro y coguiada por Travis Gagie de la Universidad de Dalhousie, y se centró en la creación de métodos computacionales para procesar grandes volúmenes de datos de ADN.


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Su tesis fue guiada por el profesor Gonzalo Navarro y se enfocó en crear métodos computacionales para procesar grandes volúmenes de datos de ADN.

 

Con la tesis “Data Structures and Algorithms for Analyzing DNA Sequences in Compressed Space”, Diego Díaz obtuvo el grado de Doctor en Computación de la Universidad Chile. Esta investigación fue guiada por el académico del DCC, Gonzalo Navarro y coguiada por Travis Gagie (Universidad de Dalhousie, Canadá), siendo evaluada por una comisión integrada por Juan Asenjo (Centro de Biotecnología y Bioingeniería – CeBiB, Universidad de Chile), Diego Arroyuelo (Universidad Técnica Federico Santa María) y Nadia Pisanti (Universidad de Pisa, Italia), y moderada por el profesor Éric Tanter.

 

Diego Díaz es Ingeniero en Bioinformática de la Universidad de Talca, su trabajo de investigación doctoral se centró en la creación de métodos computacionales para procesar grandes volúmenes de datos de ADN. Según explica, estos datos corresponden a colecciones de texto que codifican el genoma de uno o más organismos. “Hoy en día, secuenciar ADN es bastante asequible para un proyecto científico. Además, la información biológica que podemos sacar de estas colecciones es sumamente relevante. Una aplicación, por ejemplo, es la tan esperada medicina personalizada”, señala el investigador.

 

En este contexto, comenta que el problema con las colecciones de ADN es que, dada su masividad, resulta complejo procesarlas en computadores convencionales. Afirma que un proyecto puede producir varios terabytes e incluso petabytes, por lo tanto, dice que “es difícil encontrar computadores que sean capaces de sacar información biológica de algo así en un tiempo razonable”. De este modo, el trabajo de Diego Díaz se enfocó en crear métodos que capturen los patrones repetitivos del ADN: “Nuestro objetivo es usar estos patrones no solo para reducir el uso de espacio, sino también para acelerar los cálculos cuando se extrae información biológica. Las colecciones de ADN son bastante repetitivas, así que, si usamos las técnicas adecuadas, podemos reducir los costos computacionales de manera considerable. Una analogía para mi trabajo sería tener un archivo comprimido con WinRar en el que puedo buscar ocurrencias de palabras sin tener que descomprimir el texto”.

 

Respecto a los desafíos que implicó el desarrollo de su tesis doctoral, Diego Díaz comenta que uno de ellos fue el proceso de nivelación respecto a algunos tópicos de Ciencia de la Computación que no le eran tan familiares, dada su formación en Bioinformática. Agrega, además, la dificultad que significó realizar parte de su investigación en medio de la pandemia: “La ventaja de nuestra disciplina es que podemos trabajar desde cualquier lugar. Sin embargo, el aislamiento hace que uno se detenga mucho en los detalles. Herramientas como Zoom ayudan, pero no es lo mismo que la interacción continua y directa”. Sin embargo, el investigador destaca el trabajo realizado con su profesor guía, Gonzalo Navarro, y señala que “siempre tuvo una gran disposición para enseñarme y trabajar conmigo. La mayoría de las cosas que aprendí sobre investigación en el doctorado fueron gracias a él”.

 

Actualmente, Diego Díaz se encuentra realizando un postdoctorado en la Universidad de Helsinki, Finlandia. Comenta que busca trabajar en nuevas ideas, pero también continuar desarrollando aspectos que quedaron pendientes en la tesis.

 

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Comunicaciones DCC