DCC participa en proyecto FONDEQUIP aplicado a investigación en biomedicina

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El profesor Mauricio Cerda, investigador de la Facultad de Medicina de la U. de Chile y exalumno del DCC, lidera este proyecto FONDEQUIP, "SASIBA2", en el que participa tambien la profesora del DCC, Nancy Hitschfeld.


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La profesora Nancy Hitschfeld participa en este proyecto liderado por el investigador Mauricio Cerda, de la Facultad de Medicina de la U. de Chile, que se adjudicó un equipamiento que permitirá estudiar nuevos métodos de aprendizaje de máquinas, y procesamiento masivo de imágenes y texto, entre otros temas.

 

"Sistema Integrado de Servicios Informáticos para Investigación e Innovación en Biomedicina y Datos Clínicos (EQM210020) - SASIBA2" se titula el proyecto adjudicado en el X Concurso de Equipamiento Científico y Tecnológico FONDEQUIP Mediano 2021, de la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID), liderado por Mauricio Cerda, Profesor Asistente en el Instituto de Ciencias Biomédicas de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile.

 

El profesor Mauricio Cerda, quien es exalumno del DCC, colabora en actividades de investigación y docencia en nuestro Departamento, varias de ellas en conjunto con la profesora Nancy Hitschfeld quien también integra el equipo de investigadores de este proyecto FONDEQUIP.

 

Según explica el profesor Cerda, a través de este FONDEQUIP, se accederá a una solución de almacenamiento (storage) rápido de 600 TB, servidores de uso general, GPU de tamaño medio, y software para una gestión distribuida de datos entre las instituciones participantes, esto es: Universidad de Chile, Pontificia Universidad Católica de Chile y Pontificia Universidad Católica de Valparaíso. Agrega que este equipamiento se utilizará principalmente para actividades de investigación y docencia: "En particular en la gestión de biobanco y catálogos públicos; alojar, realizar y analizar estudios clínicos y repositorios del Hospital Clínico de la Universidad de Chile, y para el procesamiento de imágenes biomédicas, médicas e Inteligencia Artificial". Comenta, además, que para el desarrollo de este proyecto se cuenta con la colaboración de REUNA.

 

En cuanto a la participación del DCC, la profesora Nancy Hitschfeld señala que SASIBA2 "permitirá contar en un solo lugar con recursos para modelar objetos geométricos de mallas mixtas de alta complejidad, con aplicaciones en mecánica, geología, astronomía y materiales, donde su optimización es crítica para las simulaciones tanto cerca como fuera del equilibrio. Al mismo tiempo, apoyará la investigación en áreas tales como computación gráfica, minería de datos, inteligencia artificial y procesamiento de grandes volúmenes de datos, entre otras. Cabe destacar que no solo la investigación del DCC será beneficiada, sino también la docencia de pregrado y postgrado,  pues proveerá a estudiantes y profesores el acceso a recursos computacionales de última generación para desarrollo de tareas en los cursos de computación gráfica, procesamiento de datos masivos e inteligencia artificial, procesamiento imágenes, reconocimiento de patrones, computación en GPU, deep learning, procesamiento de lenguaje natural y procesamiento masivo de datos, entre otros”.

 

Mauricio Cerda cuenta que este proyecto es una renovación completa del FONDEQUIP SASIBA del año 2014, el cual permitió almacenar y procesar una gran cantidad de datos, principalmente de investigadores de la Facultad de Medicina y que –señala—"está llegando en 2021 al límite de capacidad y mantención". El investigador explica que, a diferencia de un almacenamiento en la nube, "un almacenamiento local de alta velocidad permite reducir drásticamente los tiempos de transferencia en la Universidad de Chile y, vía REUNA, entre otras instituciones nacionales e internacionales, junto con los costos asociados. Por otra parte, contar con GPUs de nivel medio permite hacer prototipos rápidos en proyectos de Inteligencia Artificial (previo a usar infraestructuras de cómputo masivas disponibles en el país, como el Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento - NLHPC), para luego pasar a infraestructuras de mayor escala). También, una parte importante del proyecto se enfoca en cómo administrar recursos de manera distribuida con la experiencia de los últimos años gestionando equipos de almacenamiento, y el apoyo del DCC, y la Vicerrectoría de Tecnologías de la Información (VTI)".

 

En este sentido, destaca las posibilidades que ofrece un sistema como SASIBA2, particularmente para la colaboración científica. El investigador afirma que "FONDEQUIP financia el soporte y mantención profesional, para garantizar el óptimo funcionamiento, y a la vez exige un porcentaje de acceso libre a la comunidad nacional, lo que tomamos como una posibilidad de generar nuevas interacciones científicas nacionales e internacionales".

 

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Comunicaciones DCC